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摘 要:生物網(wǎng)絡(luò)是利用網(wǎng)絡(luò)理論對生物系統(tǒng)進行建模,從而借助于網(wǎng)絡(luò)的概念、屬性和復雜網(wǎng)絡(luò)研究的各種方法來理解生物系統(tǒng)的演化和行為.生物網(wǎng)絡(luò)是生物信息學中一個嶄新的研究領(lǐng)域, 特別是蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)中網(wǎng)絡(luò)模體具有很重要的生物意義. 當前對網(wǎng)絡(luò)模體的識別研究算法正逐步應用到各個系統(tǒng)研究的領(lǐng)域中去.而網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)則是生物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)分析中的一個核心問題. 本文主要分析了網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)中的幾種基本問題,從研究方法上將模體分為精確模體、概率模體和其它模體三類,并對生物網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法進行了綜述和評價,在精確網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法中,Rand-ESU是一個很好的算法,但參數(shù)設(shè)置還比較難,需要繼續(xù)改進;概率網(wǎng)絡(luò)模體中,目前的算法還只能發(fā)現(xiàn)那些規(guī)模較小的模體;在其他網(wǎng)絡(luò)模體中,Chia-Ying Cheng等人創(chuàng)新性地對模體給出了另一種定義,引入權(quán)重概念,將模體分為bridge模體和brick模體,并給出了相應的方法. 此外還以蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)為例,介紹網(wǎng)絡(luò)模體的識別過程在生物網(wǎng)絡(luò)中的應用. 最后討論了網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法的最新研究成果以及下一步的研究方向. 關(guān)鍵詞:生物網(wǎng)絡(luò);網(wǎng)絡(luò)模體;模體發(fā)現(xiàn)算法;隨機網(wǎng)絡(luò);子圖搜索
目 錄 摘 要 ABSTRACT 第1章 緒論-1 1.1國內(nèi)外研究現(xiàn)狀-2 第2章 模體的定義及模體發(fā)現(xiàn)中的問題-3 2.1模體的定義-3 2.2 隨機網(wǎng)絡(luò)模型-3 2.3 子圖搜索.4 2.4 網(wǎng)絡(luò)模體統(tǒng)計意義評價.5 第3章 網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法-6 3.1 精確網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法-6 3.2 概率網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法-7 3.3 其它網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法-8 第4章 蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)的模體識別-10 4.1概率網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的應用-10 4.2 AS-ESU抽樣算法-10 4.3 蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)中的子圖比對-10 4.4 確定概率網(wǎng)絡(luò)模體-11 4.5 實驗-12 4.5.1 實驗數(shù)據(jù)-12 4.5.2 實驗結(jié)果與分析-12 第5章 結(jié)論語與展望-14 參考文獻-17 致 謝-19 |