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摘要: 生物信息學是通過統(tǒng)計學、信息學、應用數(shù)學和計算機科學的方法來進行生物學的問題的研究。生物信息學的研究對象就是各種各樣的生物學數(shù)據(jù)，其研究工具是計算機，研究方法包括對生物學數(shù)據(jù)的搜索、處理及利用。 本文提出了基于蛋白質序列的k-字間隔序列，并提出了間隔序列的偽豐度的概念。k取值為2時，我們通過一個400維的向量表示蛋白質序列，最后通過歐式距離構建了距離矩陣，通過鄰接法重構了26種冠狀病毒的進化樹。我們所構建的進化樹的各分支與序列的來源是高度一致的，說明我們的方法對冠狀病毒的進化分析是有效的。
關鍵詞：間隔序列；偽豐度；k字
目錄 摘要 Abstract 1、生物信息學-1 1.1 生物信息學概念-1 1.2 生物信息學的研究對象-1 1.2.1 核酸-1 1.2.2 DNA-1 1.2.3 RNA-2 1.2.4 蛋白質-2 1.3 生物信息學的發(fā)展前景-3 2、 進化分析的特征提取方法和進化樹構建方法-5 2.1已有的特征統(tǒng)計方法-5 2.1.1基于統(tǒng)計特征法-5 2.1.2基于圖形表示法-5 2.2進化樹的構建方法-7 2.2.1 基于距離構建法-8 2.2.2 鄰接法-8 2.2.3 用PHYLIP進行進化樹構建-9 3 冠狀病毒進化樹構建-10 3.1冠狀病毒介紹-10 3.1.1冠狀病毒分類-10 3.1.2冠狀病毒的傳播方式-10 3.2 數(shù)據(jù)集-11 3.3 我們方法構建的進化樹-12 結論-14 參考文獻-15 |
