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摘要:經(jīng)歷生物數(shù)據(jù)爆炸時期的我們，如何對這樣大量的信息進行研究學習，是一個很大的難題，所以我們要找出能解決這個問題的方法手段。對于這樣復雜而且數(shù)量巨大的生物數(shù)據(jù)，以前的傳統(tǒng)方法已經(jīng)不能夠滿足統(tǒng)計分析這些數(shù)據(jù)的需求了。生物信息學就是在這種情況下產(chǎn)生的。 目前，在生物信息學的眾多課題之中，分子進化分析和比較基因組學是相對比較主要的。對已知的基因組進行多個層次的比較的學科就是比較基因組學。物種間或者生物個體的比較分析對分析有關(guān)于生物醫(yī)藥學和農(nóng)業(yè)科學中的問題是必不可少的手段和方法。為了推測生物的進化進程，我們要借助生物之間排列和排列的比較。 本文基于統(tǒng)計學中偏度的定義，提出了間隔序列偏度的特征，分別在字長k=7時構(gòu)建了48種戊型肝炎病毒和30種哺乳動物線粒體基因的進化樹，通過與經(jīng)典結(jié)果的比較說明我們的方法是有效的。
關(guān)鍵詞：生物信息學；生物進化分析；序列比較
目錄 摘要 Abstract 1 生物信息學-1 1.1 生物信息學產(chǎn)生的背景-1 1.1.2 生物信息學的定義-1 1.2 生物信息學的研究對象和發(fā)展前景-1 1.2.1 生物信息學的研究對象-1 1.2.1.1 核酸-2 1.2.1.2 關(guān)于-2 1.2.1.3 關(guān)于-2 1.2.1.4 蛋白質(zhì)-2 1.2.2 生物信息學的發(fā)展前景-3 2 生物進化分析的方法-4 2.1 生物序列分析中的比對方法-4 2.1.1 兩兩序列比對模型-4 2.1.2 多序列比對模型-5 2.2 生物序列分析中的非比對方法-5 2.2.1 生物序列的圖形表示方法-6 2.2.2特征向量表示方法-6 2.2.3 信息壓縮方法-6 3 生物進化分析中的新的統(tǒng)計方法-7 3.1 進化樹的構(gòu)建方法-7 3.2 兩組數(shù)據(jù)集-8 3.2.1 48種戊型肝炎病毒-8 3.2.2 30種哺乳動物線粒體基因-13 3.3 k-字間隔序列-17 3.4 統(tǒng)計方法的數(shù)值選擇-17 3.4.1 關(guān)于眾數(shù)-17 3.4.2 關(guān)于偏度-19 3.4.3 基于k-字間隔序列偏度的進化分析方法-19 3.4.4 基于k-字間隔序列的偏度構(gòu)建進化樹-20 結(jié) 論-21 參 考 文 獻-22 附錄A（用MATLAB構(gòu)建進化樹的程序)-24 致 謝-25 |
