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摘要:由于生物學(xué)研究的飛速進(jìn)展，生物信息學(xué)等實(shí)現(xiàn)不同領(lǐng)域的多個應(yīng)用程序，現(xiàn)在它已應(yīng)用于生物，數(shù)學(xué)，物理等領(lǐng)域。生物信息學(xué)是一個有體系的科學(xué)，生物和生物信息學(xué)及相關(guān)內(nèi)容是我們需要第一項(xiàng)去研究的。今天的生物學(xué)不限于觀察和實(shí)驗(yàn)，理論和計(jì)算方面也將在它的領(lǐng)域中發(fā)揮了巨大的作用。本課題的主要任務(wù)對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法進(jìn)行了研究。 我們通過支持向量機(jī)對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類進(jìn)行預(yù)測，并采用了11個特征，其中，本文提出了基于蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)序列中E,H和C間隔序列的偏度的3個特征，其余8個特征是以前研究者提出的。本文基于支持向量機(jī)，通過杰克刀檢驗(yàn)，對25PDB、1189和640三組數(shù)據(jù)集來訓(xùn)練和測試我們的方法，三組數(shù)據(jù)的總精確度均在80%以上，說明我們的的方法是有效的。
關(guān)鍵詞：生物信息學(xué)；支持向量機(jī)；間隔序列偏度
目錄 摘要 Abstract 1.生物信息學(xué)的簡介-1 1.1 生物信息學(xué)的背景和定義-1 1.2 生物信息學(xué)研究對象-2 1.2.1 核酸-2 1.2.2蛋白質(zhì)-3 1.3生物信息學(xué)的研究內(nèi)容-5 1.3.1序列比較-5 1.3.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的比較和預(yù)測-5 1.3.3基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析-5 2 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類預(yù)測-7 2.1 研究背景-7 2.2蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)-8 2.2.1蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的形式-8 2.3預(yù)測方法-9 2.3.1同源性（Homology）方法-9 2.3.2統(tǒng)計(jì)/經(jīng)驗(yàn)算法─ Chou-Fasman和GOR方法-9 2.3.4物理化學(xué)方法-10 3 用支持向量機(jī)預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)類-11 3.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)集-11 3.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)特征的提取-11 3.3支持向量機(jī)-13 3.4 刀切法檢驗(yàn)與算法性能評估-16 3.5偏態(tài)系數(shù)、偏度、標(biāo)準(zhǔn)（變異）系數(shù)-16 3.5.1偏態(tài)系數(shù)-16 3.5.2偏度-17 3.5.3標(biāo)準(zhǔn)（變異）系數(shù)-17 3.6間隔序列-18 3.7 我們的預(yù)測結(jié)果-18 結(jié) 論-21 參考文獻(xiàn)-22 致 謝-24 |
